热门:【学术前沿】 再取新进展！杨辉等团队系统介绍GOTI的全基因组脱靶效应检

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以下复印件来源于inature，作者枫叶inature聚焦于尖端科学的动态，传播科普新闻。 关注我们，获得越来越多的相关信息基因组具有纠正病原突变的巨大潜力。 研究者开发了一种称为goti的方法，用crispr-cas9或碱器2细胞小鼠胚胎的卵裂球检测脱靶变异。 goti不受遗传背景的干扰，直接比较经过的细胞和未经过的细胞。 因为这样可以高灵敏度地检测潜在的脱目标变异。 值得注意的是，goti方法将实验和计算方法结合起来，目的是检测哪个基因组工具的潜在脱目标突变体，这对正确判断基因组工具的安全性很重要。 年8月14日，中国科学院神经研究所杨辉、中国科学院上海营养健康研究所李亦学和斯坦福大学lars m. steinmetz联合通信在nature protocol网上以“goti”为题发布。 amethodtoidentifygenome-wide off-targeteffectsofgenomeeditinginmouseembryos”的研究论文，该研究为goti提供了详细的技术方案，小鼠交配，两个细胞胚胎的注入 为了提高goti的效用，该研究还包括被称为goti seq ( github/syd Aileen/goti seq )的计算过程，用于测序数据的观察，生成最终的全基因组脱目标突变体直接生成原来的 从小鼠交配到测序，该实验方法一般需要20天，测序数据的观察需要7天。 基因组工具的最新快速发展在动物疾病建模、基因治疗、药物开发、转基因植物和生物燃料技术等各个行业都有着广阔的前景。 基因技术还加速了基因组功能组织及遗传变异与生物学表型的因果关系研究。 crispr是生命科学行业蓬勃发展的基因技术，给遗传疾病的治疗带来了巨大的希望。 许多crispr–ca S9的目标是响应双链断裂( dsb )的非同源终端连接，通常目标站点包含小的插入缺失。 另一方面，碱基器不产生dsbs，在目标基因座使用脱氨酶诱导碱基对置换。 在dna碱基器中，有胞嘧啶碱基器( cbe )将CG碱基对转换为ag碱基对，而腺嘌呤碱基器( abe )将ag碱基对转换为GC碱基对的2种。 但是，脱靶突变的问题可能会引起遗传不稳定和功能障碍。 具体来说，脱靶效应的潜力仍然是将基因组应用于人类基因治疗的主要障碍。 为了检测细胞内所有基因组的脱靶活性，已经开发了选择性浓缩和测序( site-seq )、高通量全基因组易位测序( htgts )等方法。 但是，这些方法只能从基因组生成的dsb中检测出脱目标。 因为这不适合在体内检测一元酸突变体( snv )。 鉴于碱器的应用迅速增加，人们需要开发出用无偏见的方法全面判断脱靶效果的技术。 最近，研究者开发了一种被称为goti的全基因组脱靶效果的检测方法，用于从头开始鉴定小鼠胚胎的脱靶变异。 该技术检测来自单一基因的卵裂球在细胞群中的脱靶效果，但在以前的研究中采用了很多细胞，其中基因结果是可变的，根据群体平均，随机脱靶效果的信号丢失了。 另外，因为和未细胞来自祖先细胞，所以该goti可以将遗传背景和体细胞变异混合的影响抑制在最小限度。 因此，goti可以广泛应用于不导入dsb的基因组工具 本文系统地阐述了goti和goti-seq的实验方案。 这项研究还强调需要特别观察的特定步骤和注意，以确保生成的数据的质量。 goti方法可广泛应用于判断动物模型中基因组工具的特异性 参考信息: nature/articles/s 41596-020-0361-1来源: inature1980-原标题:《【学术前端】新展开！ 杨辉等人的团队系统介绍了goti的全基因组脱靶效果检查方法，阅览原文 。

来源：重庆新闻